Usando la prima stagione come base, la seconda stagione di 'Hanna' si immerge ulteriormente negli oscuri segreti di Utrax. Insieme a ciò, rivela anche cosa fa la sinistra organizzazione per manipolare tutti i suoi prigionieri adolescenti e trasformarli in armi letali. La stagione 2 è piena di diverse rivelazioni e un po' di anticipazioni per il prossimo potenziale capitolo. Quindi è ovvio: analizziamo tutti i punti della trama e la fine della serie di seguito. (Spoiler avanti)
Dopo essere fuggita dalla struttura di Utrax, Clara accompagna Hana. Mentre sopravvivono nelle foreste, i funzionari di Utrax cercano di rintracciarli. Nel frattempo, come rivelato nella prima stagione, le ragazze rimaste vengono trasferite in una struttura completamente nuova chiamata The Meadows. Clara in seguito cade in una delle trappole di Utrax e finisce di nuovo con il resto delle ragazze. Nel frattempo, Marissa prende Hanna sotto la sua ala protettrice e, nel tentativo di rimediare alle sue malefatte passate, le impedisce di salvare Clara. Anche così, Hanna riesce comunque a convincere Marissa ad aiutarla a salvare Clara. Di conseguenza, raggiungono The Meadows per eseguire questa missione di salvataggio.
Niente va come previsto, però. Utrax cattura Marissa mentre Hanna diventa parte della finta organizzazione sociale di Utrax a The Meadows. Sebbene inizialmente resista, alla fine accetta The Meadows come sua nuova casa insieme a Clara e agli altri. Ben presto, Hanna e Jules si uniscono e vengono inviati per la loro prima missione di assassinio nella vita reale. Hanna ora deve fare una scelta: si allontanerà ulteriormente dal percorso di Erik o complotterà segretamente contro Utrax?
A The Meadows, tutte le ragazze sotto l'operazione di Utrax vengono improvvisamente liberate. In contrasto con la loro precedente struttura medica, la nuova posizione offre loro dormitori colorati, famiglie immaginarie, accesso ai social media e l'opportunità di socializzare con gli altri. Tuttavia, all'insaputa delle ragazze, tutto questo è solo un set sociale simulato per aiutarle a imparare di più sul sostentamento nel mondo reale. Come preannunciato nella stessa stagione precedente, Utrax ha sempre avuto l'intenzione di mandare queste ragazze nel mondo reale. Pertanto, consente loro di agire intenzionalmente come normali adolescenti poiché ciò, a sua volta, li aiuterà a travestirsi da persone normali nel mondo reale.
Per la maggior parte delle ragazze, Utrax ottiene il controllo su di loro sostituendo le idee precedentemente esistenti sulla famiglia, la religione e gli amici. Ma per Hanna e Clara, l'organizzazione fatica a stabilire un controllo poiché sono già consapevoli di aver perso le loro famiglie. Quindi, per loro, l'organizzazione cerca di colmare il vuoto in loro che brama una famiglia invece di sostituirla. E così, anche dopo aver saputo che suo padre è morto, Hanna trova conforto a The Meadows.
Ad Hanna e Jules viene assegnata la loro prima missione nella vita reale, dove si aspettano che Hanna utilizzi la sua esperienza nel mondo esterno. Quanto a Jules, Leo le dice segretamente di tenere d'occhio Hanna. Secondo la loro missione, devono determinare la vera identità di un informatore di nome Tacito e scoprire il luogo in cui ha intenzione di incontrare un giornalista con sede a Londra, Nicola Gough. La dichiarazione menziona anche che possono avere accesso a Nicola solo attraverso sua moglie Bethany James, che è professoressa alla London South Bank University.
Dopo aver attraversato Bethany, Hanna entra finalmente in contatto con Nicola. Fotografa degli estratti dal taccuino di Nicola e li invia a The Meadows. Dopo averli decodificati, Terri deduce che Tacito è un avvocato militare con sede a Barcellona di nome Robert Gelder. Sebbene la serie si prenda il suo tempo per rivelare il motivo per cui John Carmichael vuole eliminare Robert Gelder (alias Tacito), diventa evidente che Robert detiene il segreto delle motivazioni di John dietro Utrax. Robert intende rivelare questi segreti a Nicola in modo che possa finalmente esporre la verità al mondo intero.
A Barcellona, Hanna incontra anche Stephen, un uomo che lavora per Marissa. Stephen spiega che quello che ora è conosciuto come Utrax, in precedenza consisteva in un piccolo gruppo di radicali nazionali all'interno di un'agenzia chiamata The Pioneer Group. Le dice che ora rimane uno dei pochi membri del gruppo che non ha seguito la strada sbagliata. E così, come Hanna, vuole fermare la prima operazione di Utrax. Hanna si allea con Stephen e i due si prefiggono di fermare l'assassinio di Robert e Nicola. A loro insaputa, Jules tiene d'occhio Hanna e scopre il loro piano.
A causa di Jules, il piano di Stephen di salvare Nicola dall'intercettazione fallisce. Per interrompere l'altro lato della missione, Hanna si dirige a Barcellona, dove Clara e Sandy tentano di intercettare Robert Gelder. Hanna si rivolge a Clara e cerca di convincerla che Utrax non ha buone intenzioni. Ma Clara la respinge semplicemente dicendo che non dovrebbero mettere in discussione l'organizzazione e concentrarsi sul servire la loro nazione. Solo quando Hanna la convince che sua madre è ancora viva, la prospettiva di Clara verso la missione cambia.
Attraverso la figlia di Robert, Kat, Sandy deduce dove si trova la stanza d'albergo in cui alloggia Robert. Con questo, Clara e Sandy hanno deciso di eseguire la loro missione finale di uccidere l'avvocato prima che smascherasse Utrax. Clara esita, ma Sandy copre i suoi errori uccidendo spietatamente Robert. Anche così, prima di morire, Robert si mette in contatto con un giornalista di nome Alba, che raccoglie un documento da uno dei membri dello staff dell'hotel. Questo documento contiene i segreti di Utrax.
In seguito, con tutte le azioni che ne conseguono, Alba muore, ma Hanna mette le mani sul documento. Questo documento rivela infine che l'elenco degli obiettivi di assassinio di Utrax è composto da avvocati, attivisti e altri esperti potenzialmente influenti di diversi campi che potrebbero in seguito fare la differenza nel mondo. La maggior parte delle persone menzionate in questo elenco di obiettivi ha meno di 18 anni e tutte hanno meno di 30 anni. E questo è il motivo per cui l'esistenza di Utrax è rimasta segreta per tutto questo tempo. Volevano eliminare in modo non etico una generazione di leader più giovane in quanto avrebbe permesso loro di ottenere il controllo del mondo. E, naturalmente, per una missione come questa, le ragazze adolescenti a cui è stato fatto il lavaggio del cervello per tutta la vita sono le candidate perfette.
Per tutto questo tempo, è stata colpa di John se Robert è venuto a conoscenza della missione. Come rivelato in un flashback, una volta John si ubriacò e raccontò all'avvocato tutto sui motivi segreti di Utrax. Ma invece di smascherare John, Marissa prende il controllo e lo ricatta per guidarli ai poteri superiori del Pioneer Group, che gli ha dato l'ordine di comandare Utrax. Il finale prepara il terreno per un'altra stagione in cui Marrissa e Hanna ora elimineranno coloro che gestiscono il malvagio Pioneer Group. Clara probabilmente non si unirà a loro mentre va in Egitto per incontrare finalmente sua madre.