Mentre 'Citadel: Honey Bunny' raggiunge le sue ultime parti, le sfide di Rahi e Honey aumentano mentre cercano di lasciarsi alle spalle il passato senza che ritorni a perseguitarli. Le varie cospirazioni che li travolgono minacciano di sconvolgere ulteriormente le loro vite e di portare alla luce nuove informazioni sulle loro agenzie. Per Rahi, questo significa affrontare la verità che sta dietro il suo mentore e la figura paterna che gli ha dato una seconda possibilità di vita. Nel frattempo, per Honey, la sicurezza e la protezione della vita di sua figlia hanno la precedenza mentre altri segreti emergono dalle profondità delle missioni precedenti. La coppia deve trovare un modo per allineare i propri obiettivi e eliminare le differenze rispetto al passato. Sfortunatamente, si rivela difficile con pericolosi nemici sulle loro tracce. SPOILER AVANTI.
Nel 1992, un'attrice di piccole dimensioni, Honey, trova difficile ottenere un ruolo in un film, cosa che l'ha lasciata privata di ogni tipo di sicurezza finanziaria. Cercando di aiutarla a uscire dalla sua terribile situazione, il suo amico e collega dell'industria cinematografica, Rahi Gambhir, AKA Bunny, le offre l'opportunità di lavorare in un lavoro secondario. Honey accetta l'offerta e viene coinvolta in una precaria missione di spionaggio in cui deve ammaliare un obiettivo di alto profilo sotto mentite spoglie. Sfortunatamente, la missione prende una piega sbagliata e Bunny deve intervenire per salvarla dal tormento. Bunny e i suoi amici dell'agenzia mettono le mani sul disco crittografato che Honey è stata incaricata di trovare. Tuttavia, durante il tentativo di fuga, l'agenzia perde uno dei suoi agenti, Jagan.
Successivamente, Rahi presenta Honey al suo mentore e al capo dell'agenzia, Guru. Honey è determinata a entrare nel vivo dell'operazione e Bunny accetta di addestrarla. Fanno rapidi progressi nelle prossime settimane e mesi, ma Guru rimane scettico nei suoi confronti e la tiene confinata nel ruolo di 'trappola del miele'. Nel frattempo, la narrazione arriva all'anno 2000, quando viene mostrato che Honey vive in una località turistica con sua figlia Nadia. Sono vicini al proprietario di un bar locale, Vivek, che aiuta Honey con la vita domestica. Tuttavia, le cose vanno male quando un gruppo di aggressori sconosciuti rapisce Honey mentre sua figlia scappa. Nadia cerca rifugio presso Vivek, ma quest'ultimo viene ucciso da uno degli inseguitori. La giovane ragazza incontra poi sua madre dopo che quest'ultima in qualche modo è riuscita a sfuggire ai suoi rapitori.
Man mano che la storia procede, le due trame simultanee ambientate nel 1992 e nel 2000 iniziano a convergere man mano che vengono stabilite sempre più connessioni. Si scopre che Nadia è la figlia di Honey e Rahi. I due si sono avvicinati l'uno all'altro mentre lui stava addestrando Honey per la vita come agente nell'organizzazione di Guru. Tuttavia, ad un certo punto durante una missione a Belgrado, Honey ha simulato la sua morte e gli ha fatto credere che lei e il suo bambino non ancora nato fossero morti. La missione è stata fondamentale e ha avuto luogo a Belgrado, in Serbia, dove Honey si è avvicinata a un uomo di nome Dr. Raghu Rao, che aveva costruito uno speciale dispositivo di sorveglianza noto come Armada. Con l'agenzia di Guru e il nemico che cercano Armada, Honey si ritrova intrappolata nella linea di fuoco di decidere tra ciò che è giusto e sbagliato e di quale parte può fidarsi.
Alla fine della prima stagione, Honey e Bunny fanno la straordinaria scoperta che Guru ha utilizzato l'aiuto di una talpa all'interno della Cittadella. In effetti, la rivelazione si rivela ancora più scioccante quando si scopre che l’identità della persona non è altro che Zooni, l’amministratore delegato dell’organizzazione. Aveva diretto le missioni guidate dall'agente Shaan e dai suoi colleghi, ma aveva collaborato con Guru. Pertanto, sia le agenzie della Cittadella che quelle del Guru stavano inavvertitamente lavorando verso lo stesso obiettivo per la stessa persona, Guru. In effetti, il ruolo della talpa di Zooni si rivela fondamentale nella narrazione perché, senza il suo aiuto, Guru non sarebbe mai riuscito a fuggire dalla sua cella di contenimento dopo essere stato catturato durante la missione a Belgrado.
Attraverso i flashback, viene fornito molto più contesto dietro le ragioni per cui Zooni ha disertato dalla Cittadella. A quanto pare, inizialmente era contraria a tutto ciò che Guru rappresentava, poiché era la persona apparentemente responsabile della morte di suo marito Rinzy. Rinzy e Guru erano ottimi colleghi ai tempi in cui lavoravano alla Cittadella. Tuttavia, a causa di un malinteso e di un errore durante una missione, Guru si è assunto la colpa della morte di Rinzy, anche se i due sognavano di lasciare un giorno la Cittadella e avviare una propria organizzazione. Con Rinzy andato, Guru aveva seguito quel piano. Una volta riuscito a convincere Zooni del suo scopo, lei ha deciso di lavorare con lui. Alla fine, Honey aiuta la Cittadella a sradicare la sua presenza dall'interno dell'organizzazione.
Indubbiamente, il centro dell'attenzione nella storia è il dispositivo Armada. Il dottor Raghu Rao ha creato la tecnologia con l'aiuto dei suoi colleghi scienziati, che ci stavano lavorando per il bene dell'umanità. La missione fu supervisionata dalla Cittadella, che aveva un interesse particolare nel Progetto. Monitoravano costantemente Rao nel caso in cui finisse nei guai o fosse compromesso. Alla fine, avevano bisogno che Rao completasse il progetto e consegnasse loro il disco per mantenere il controllo su tutti e inaugurare un nuovo tipo di società. Doveva dare alla Cittadella la capacità di monitorare e rintracciare ogni individuo sul pianeta. Il loro compito divenne difficile quando Guru e gli agenti della sua agenzia furono coinvolti nel mettere le mani su Armada prima della Cittadella. Tuttavia, anni dopo, nel 2000, il primo avrebbe distrutto il dispositivo.
Come illustrato nella narrazione, il dispositivo Armada cadde nelle mani degli agenti di Guru alla fine della missione di Belgrado. Anche se tutto sembrava andare secondo i piani, si è verificato un leggero intoppo quando la Cittadella si è concentrata sulla loro posizione mentre organizzavano una fuga dalla capitale serba. In realtà, Honey aveva informato la Cittadella della posizione di Armada e aveva tradito i piani di Guru al nemico. Si sentiva sempre più disillusa dal modo di lavorare del Guru e pensava di essere dalla parte sbagliata. Tuttavia, anche se ha disertato, ha portato con sé il dispositivo Armada ed è scomparsa dopo aver simulato la sua morte. Anni dopo, ne fu in possesso, il che rese lei e sua figlia un bersaglio per Guru e la Cittadella. Per risolvere il problema, Bunny porta il dispositivo a Guru e lo distrugge davanti a lui.
Uno degli elementi più ambigui e agghiaccianti del finale della prima stagione ruota attorno al destino della famiglia di Chacko. Dopo il suo periodo nell'agenzia di Guru, Chacko si è sposato e ha messo su famiglia con la sua nuova moglie, che non aveva idea della sua vita precedente. Ha segnato un nuovo capitolo nella sua vita dopo le sue passate esperienze nel settore dello spionaggio. Inoltre, considerata la sua educazione da orfano, la vita familiare gli ha permesso di entrare in una fase in cui ha potuto finalmente ottenere ciò che aveva perso da bambino. Tuttavia, lo rendeva anche esposto al pericolo perché i suoi nemici potevano usare sua moglie e suo figlio contro di lui. Sfortunatamente, questo è ciò che accade alla fine. Mentre cerca di ottenere un vantaggio, Kedar si presenta a casa di Chacko, dove sua moglie e suo figlio sono indifesi contro l'agente. In modo agghiacciante, quando Chacko torna a casa, la trova vuota.
Il destino della famiglia di Chacko sembra misterioso e criptico perché non vengono fornite risposte certe. Tuttavia, esistono due possibilità: la prima è che sua moglie e suo figlio siano stati torturati e uccisi per avere informazioni su dove si trovasse, e la seconda è che Kedar li abbia rapiti. Entrambe le azioni sono incredibilmente atroci, ma tra le due possibilità, la loro morte è il colpo più crudele. Sembra improbabile che sia successo perché quando Chacko entra in casa, sicuramente avrebbe uno scatto d'ira se vedesse i cadaveri della sua famiglia. Inoltre, poiché i loro corpi non vengono affatto visualizzati, le possibilità di morte sono scarse, poiché altrimenti lasciano pochissime prove. Pertanto, il risultato più probabile è che la sua famiglia sia stata rapita e Chacko potrebbe dover trovare un modo per riaverli indietro in futuro.
Sebbene per Guru sia prioritario dare la caccia a Honey e sua figlia nel corso della narrazione, la conclusione della prima stagione fornisce una soluzione unica. Il conflitto viene portato a termine non grazie agli sforzi di Honey ma a quelli di Rahi. Dopo anni di servizio sotto di lui, Rahi ha un legame incredibilmente complesso ma profondo con Guru, che vede come una falsa figura paterna. I due hanno condiviso un legame molto intimo fin dall'inizio, principalmente per il modo in cui Guru ha aiutato Rahi a trovare uno scopo nella sua vita dopo essere rimasto orfano in tenera età. Naturalmente, in seguito all'incidente, Guru ha utilizzato Rahi per il suo scopo e il suo programma, a volte impiegando anche trucchi psicologici per tenerlo in riga. Tuttavia, Rahi ha abbastanza rispetto per l'uomo da presentarsi e affrontarlo faccia a faccia sulla sua vendetta e costringerlo a rinunciare.
La strategia utilizzata da Rahi è di onestà e fa appello alla migliore natura del Guru. La verità è che Guru era troppo preso dal suo programma per un mondo migliore e dalla sua lotta contro la Cittadella. Tuttavia, per Rahi, le migliori qualità del suo mentore erano il modo in cui si prendeva cura degli orfani e li faceva sentire completi. Rahi crede che, ad un certo livello, Guru si prenda cura di tutti i bambini che ha reclutato come suoi figli, ma, in particolare, sentiva che Guru aveva un debole per lui. Poiché Rahi era uno dei suoi migliori agenti, Guru provò un senso di perdita dopo che Rahi lo abbandonò. Successivamente, le cose si intensificarono ulteriormente quando iniziò a perseguire la figlia di Rahi e la sua amante, Honey. Distruggendo il disco di fronte a lui, Rahi riesce in qualche modo a costringere Guru a vedere la logica dietro le sue azioni e ad arrendersi, cosa che fa.
Nonostante abbiano finalmente posto fine alle divergenze con Guru, Rahi e Honey scoprono che la minaccia per le loro vite e per quella della figlia esiste ancora. La questione nasce da Kedar, che decide di andare contro i desideri di Guru e insegue Rahi e Honey per porre fine alla loro vita. Crede che Guru stia mostrando debolezza risparmiando Rahi e il suo amante. Pertanto, per chiudere adeguatamente il capitolo senza questioni in sospeso, Kedar prende in mano la situazione e si propone di uccidere i suoi nemici giurati. Sfortunatamente, questo causa a Rahi e Honey tutta una serie di problemi poiché devono prepararsi e combattere contro le forze di Kedar nella sontuosa dimora ancestrale di Honey. Inizialmente riescono a scappare, ma incontrano più problemi per le strade. Dopo aver convinto Honey a scappare con Nadia, Rahi combatte Kedar uno contro uno per portare finalmente la questione a una conclusione.
La sequenza finale vede solo i due orfani che si scontrano l'uno contro l'altro a causa di un malinteso sugli ordini del Guru. La lotta si rivela una lotta poiché i due sono quasi alla pari. Finisce con entrambi che si sparano e si feriscono a vicenda nel processo. La complicata vicenda li lascia entrambi appoggiati alle auto schiantate, dove possono finalmente avere una discussione sincera sui metodi di Guru e su come, a volte, li ha manipolati entrambi per servirlo. Kedar apprende la verità sui modi di Guru dalla bocca di Rahi, ma non sembra influenzarlo più di tanto. Tuttavia, per la maggior parte della storia, è sempre stato geloso di Rahi perché Guru lo ha pubblicizzato come un agente migliore. Eppure, alla fine, Kedar cambia idea quando decide di lasciare andare Rahi, dicendogli di scappare finché ha ancora tempo. Apparentemente muore subito dopo.
La prima stagione si conclude con un cliffhanger con un Rahi ferito che si prepara ad affrontare un numero di agenti che stanno per riversarsi lungo le strade verso la posizione di Kedar. Nel frattempo, Honey e sua figlia Nadia aspettano al molo il ritorno di Rahi in modo che la famiglia possa scappare insieme. È uno scenario difficile per Rahi sopravvivere, data la dimensione della forza che sta per scendere sulla sua posizione. Tuttavia, potrebbe essere il suo ultimo atto coraggioso per garantire il futuro della sua amante e di sua figlia. Per quanto onorevole possa sembrare, è improbabile che sia così dato che Rahi ha ancora tempo per raggiungere il porto e la sua famiglia. Potrebbe essere gravemente ferito, ma può comunque sfuggire alla difficile situazione. Anche se non riuscisse ad incontrarli in tempo, sopravvivenza è ancora possibile e probabilmente troverà un modo per farlo.